이소플라본은 인체 내의 에스트로겐과 유사한 역할을 하며, 제노에스트로겐(xenestrogen)이라고 불리우는 유해 환경 호르몬에 대항한다. 이소플라본의 한 종류인 제네스테인(genestein)은 유방 조직에 작용하여 에스트로겐에 의해 정상조직이 암화되는 것을 방지한다고 한다. 제네스테인은 에스트로겐이 과도할 경우 에스트로겐의 작용을 막아주어 항 에스트로겐(anti-oestrogen)의 역할을 수행한다.
이소플라본은 처해진 환경에 따라 친 에스트로겐, 혹은 항 에스트로겐의 작용을 하는 대표적인 호르몬 조절자이다. 가령 폐경 직전 에스트로겐이 신체에 너무 많이 공급될 경우 세포 내의 수용체에 반응하여 에스트로겐이 작용을 하지 않게 한다. 아울러 이소플라본은 에스트로겐에 비해 강도가 약하므로 호르몬 투여에 의해 암이 촉진되지 않도록 도와준다.
반면에 폐경 직전이나 폐경 이후에 에스트로겐의 생산이 너무 적다면 에스트로겐의 수치를 올려준다. 이소플라본이 든 건강식품을 섭취하면서 충분한 휴식을 정기적으로 취한다면 안면홍조나 야간발한과 같은 증상을 이겨내고 장기적으로 볼 때 심장질환, 골다공증, 기억력 저하가 나타나지 않게 되는데 많은 도움을 받을 수 있다
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